一応(🚍)中学的学生一堂零(🌏)、冷(🙂)越豪、出瀬潔、大间仁、物星大等五人，因在中学(🕠)留级等原因，各(🦔)自都拥有丰富个(🕐)性且行为古怪的性格，被周围人视为名物团体“奇面组”而备受关(🍧)注。转校生河川唯与同(🌗)学宇留千(🎧)绘一同目睹了(🌡)“奇面(💟)组”的行(🈁)踪，对他们产(🏘)生了兴趣，开始与他们一起行动。此外(🔩)，一応中学还聚集了多(🦋)个个性鲜明的团体，如由切出翔带领、受女生欢迎的“色男(🔕)组(🚞)”，由似蛭田妖领(🤙)导(🚸)的(👶)不良团体“番组”，由云童块领导的擅长体育的“腕组”，以及由天野邪子领导的滑(💄)冰团体(Ⓜ)“御女组”等。从相遇到时光飞逝，他们迎来了新的春天(🤪)——
大门大意外地遇到了亚古兽，两人见面就大打出手，亚古兽战败后称大门大 为大哥，但是数码特搜部队（DATS）不容许未受其队员管理的数码兽留存在这个世界上，必需送回数码世界，而后汤岛告诉大若加入DATS他就可以跟数码世界的强敌战斗，大因此加入DATS，与淑乃及托玛组成小组，一同解决数码事件。托玛发现日本的数码事件频率增加并非偶然，因此请假回到欧洲调查，发现根源来自于人类的七宗罪。而比丘兽的事情让大他们知道了其幕后黑手是究极体数码兽——墨丘利兽搞的鬼，也因此决定动身前往数码世界。而在数码世界，他们见到了一个人类小孩——郁人，他自称数码兽，对人类怀有怨恨。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
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